Dấu hiệu khảo cổ cho thấy lợn (heo) được thuần hóa từ loài hoang dã từ rất sớm vào khoảng 13.000–12.700 TCN ở Cận Đông trong thung lũng Tigris[9] được quản lý ở dạng hoang dã theo cách tương tự chúng được người New Guine chăn hiện nay.[10] Các loài lợn (heo) khác đã được xác định sớm hơn 11.400 TCN ở Síp, chúng phải được du nhập từ đất liền tức là chúng được thuần hóa trong đất liền.[11] Cũng có sự thuần hóa riêng biệt ở Trung Quốc diễn ra cách nay 8000 năm.[12][13]

Trước đây, các nhà khảo cổ học dựa vào những di chỉ khảo cổ (chủ yếu là xương sọ) đã cho rằng lợn được thuần hóa vào khoảng 9000 năm về trước ở vùng mà ngày nay thuộc miền Đông Thổ Nhĩ Kỳ hoặc cùng khoảng thời gian này tại Trung Quốc.

Nhưng theo một nghiên cứu được tiến hành với sự hợp tác giữa các nhà di truyền học Mỹ và Thụy Điển, trong đó phân tích xu hướng phân bố và đồng dạng ADN của các giống lợn (700 con) trên thế giới, tổ tiên của lợn ngày nay được xác định là lợn rừng và quê hương của lợn rừng nguyên thủy này chính là vùng Đông Nam Á ngày nay. Sau khi được thuần hóa ở Đông Nam Á, lợn theo con người đến các vùng khác của lục địa Á Âu (Eurasia) và ra các đảo Thái Bình Dương. Lợn được tiếp tục thuần hóa nhiều lần ở nhiều vùng tại Trung Quốc, vùng Cận Đông và châu Âu.

Một nghiên cứu di truyền đã phân tích DNA của các giống lợn thuộc các hải đảo Thái Bình Dương và đặc biệt là lợn không lông ở Vanuatu, các nhà nghiên cứu Úc và Mỹ khẳng định rằng lợn tại các hải đảo này cũng xuất phát và được thuần hóa từ lục địa Đông Nam Á (đặc biệt là từ Việt Nam) khoảng 3000 năm trước đây. Sau đó, chúng theo con người "di cư" ra khỏi lục địa và đến các hải đảo như Vanuatu và Lưu Cầu. Ngoài ra, các giống lợn tại các hải đảo này cũng có "hồ sơ" DNA rất giống với lợn ở Âu châu.

Ước tính về thời điểm thuần hóa và di cư của lợn nêu trên khá phù hợp với các di chỉ khảo cổ tìm thấy ở Việt Nam. Theo các di chỉ này thì nghề chăn nuôi lợn ở Việt Nam được phát triển khá vào thời Hùng Vương. Các di chỉ khảo cổ học thuộc thời kì hậu Đồ Đá Mới (tức khoảng 8000 đến 3000 năm trước đây) ở khu vực Phùng Nguyên, Đồng Đậu và Hoa Lộc có nhiều xương cốt các con vật nuôi trong nhà như lợn, chó, trâu bò nuôi, gà, vịt... Tại di chỉ Đồng Đậu, tỉ lệ xương lợn trong tầng văn hóa ở đây cao hơn xương lợn rừng và các gia cầm.